A mesquista de Tókio, ou Tokyo Camii, é a maior do Japão, com influência claramente turca, ou na época, do império Otomano, com alguns ornamentos importados inclusive. A mesquita passou por uma reforma em 1986 por questões de estrutura e segurança e foi reaberta em 2000.
Nela, acontecem desfiles, festivais, cerimônias e aulas incluindo árabe. Ela é mantida pelo ICJ (Centro Islâmico do Japão), fundada em 1966.

O número de imigrantes no Japão é explicado pelo fato de ter começado ainda na Era Meiji, com envios de japoneses para o mundo após o período Tokugawa em que o Japão ficou isolado do resto do mundo por centenas de anos. Diplomatas foram enviados para o Império Otomano e Oriente Médio. Registros árabes também mencionam o Japão, especialmente quando fala-se da Rota da Seda. https://en.wikipedia.org/wiki/Islam_in_Japan
Um registro português de 1555 relata um muçulmano que "pegou carona" numa embarcação lusitana durante o contato com o Japão e conta que ele pregava para os locais.
Vale destacar que o número de mesquitas, que eram menos de 10 no Japão na década de 1970, hoje já é bem mais que isso em um intervalo de tempo curto para o feito http://www.islambr.com.br/index.php?option=com_content&view=article&id=1032:aumenta-o-numero-de-mesquitas-no-japao&catid=71:cotidiano-capa
Na invasão japonesa a China durante a Segunda Guerra, soldados tiveram contato com a religião e alguns voltaram e formaram uma organização muçulmana de japoneses, fundada e liderada por Sadiq Imaizumi.
Atualmente o governo japonês tem duas visões quanto aos muçulmanos. Por um lado, há, como muitas nações, especialmente depois do sequestro e execução de dois japoneses pelo Estado Islâmico, medo, precaução e vigilância um tanto discriminatória. Porém, também querem atrair mais turistas islâmicos, assim como muitos empresários, mas é esperado que um pouco mais de repressão venha, por causa do aumento de poder dos conservadores na política do país. http://www.ipcdigital.com/nacional/japao-se-esforca-para-atrair-turistas-muculmanos/

Na década de 1970 xiitas, paquistaneses e iranianos começaram a chegar no Japão. Outro boom de imigrantes aconteceria na década de 1980, por causa de conflitos na região e crise.
Os números sobre a população islâmica no Japão não são confiáveis, pois o governo não faz esse tipo de cálculo, ou seja, não conta quantas pessoas de cada religião existem no país.
Uma última curiosidade, ultimamente, a moda lolita, que são vestidos ultra-fofos e frescos (na minha opinião) e que são moda entre as adolescentes no Japão começou a pegar, timidamente, mas já pegou, em algumas meninas muçulmanas que modificam suas vestimentas e ao que tudo indica, não há nada que proíba esse tipo de coisa. Para saber mais, veja este vídeo documentário "Meeting Muslim in Japan" https://www.youtube.com/watch?v=AFlDorHeYUs e se quiser um extra, mais engraçado e no formato de vlog, há o "Being a Muslim in Japan" https://www.youtube.com/watch?v=QIBsjtSYC0g